יחידות מיוחדות - שב"ס עומד מול איומים קשים, כגון בריחה מתוך מיתקני הכליאה, תקיפת אנשי סגל, חטיפת סוהרים כבני ערובה, מהומות, תקיפת רכבי ליווי, הברחת אמצעי לחימה ואמצעי קשר, הברחת סמים ואלכוהול. התמודדות עם תרחישים אלו מחייבת את הארגון למקצועיות, ללמידה מתמדת, למיומנות ברמה גבוהה . לשם כך הוקמו שלוש יחידות מבצעיות מיוחדות:
יחידת דרור - יחידת מודיעין העוסקת בחשיפת שיטות הברחה והסלקה וחיפוש סמים בבתי הסוהר .
יחידת מצדה - יחידת ההשתלטות המבצעית של שירות בתי הסוהר, הפועלת בעת אירועים מורכבים בתוך מיתקני הכליאה של שב"ס .
יחידת נחשון - היחידה המרכזית לליווי אסירים בין בתי הסוהר השונים ולבתי המשפט, לאבטחה וכוח התערבות של שב"ס בהפרות סדר .
בנוסף קיים מערך בעלי החיים - יחידה מיוחדת המפעילה בעלי חיים לסיוע באבטחת מיתקנים וליוויים.