מרפאה-כוללת אחראי מרפאה, צוות חובשים, רופא כללי, רופא שיניים וחלק מבתי הסוהר רופא נורקולוג (רופא סמים).
במרפאה חדר טיפולים בו האסירים נבדקים, עוברים טיפולים רפואיים ומקבלים שם "מסדר חולים" .

הטיפול הרפואי נועד לשמור על בריאותם של האסירים הנתונים למשמורת שב"ס וכולל את כל השירותים שמקבל אזרח מקופ"ח רגילה כמו בדיקות רפואיות, מתן חיסונים, מתן תרופות, צילומי רנטגן, טיפולי שיניים חינם, אשפוז בעת הצורך ופסיכיאטר המבקר באופן קבוע.

במקום קיים חדר שעת חירום ובו כל הציוד הנדרש+מחסן תרופות וחדר אשפוז  לחולים בחלק מהביס"רים.
בשב"ס 32 מרפאות ובנוסף מרפאות משנה בביבס"רים הגדולים.

במרפאות - רופאים ראשוניים (כלליים) הנמצאים במרפאה בד"כ חמישה ימים בשבוע, בשעות הפעילות, וחובשים הנמצאים במרפאות 24/7. 
תפעול שירותי הרפואה היועצת וההדמיות: במתן שירותי רפואה יועצת והדמיות, נשען מערך הרפואה בעיקר על שירותים מן החוץ

בשב"ס מרכז רפואי (מתקן אשפוז מרכזי) - מר"ש   הכולל אסירים המאושפזים במצב קשה במיוחד.

בנוסף מופעל מתקן מג"ן- מרכז גופני ונפשי‏ המטפל באוכלוסיות אסירים מיוחדות בעלות צרכים מרובים ברמת הטיפול הנפשי (בריאות הנפש -פסיכיאטריה) או ברמת הטיפול הפסיכו-סוציאלי. 

להרחבה  בקטגורית רפואה :

מב"ן – מרכז לבריאות הנפש‏, מג"ן- מרכז גופני ונפשי, מג"ש – מרכז גמילה שב"ס‏ .